2019年10月1日,5-羟甲基(jī)化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病研究领(lǐng)域(yù)取(qǔ)得重(chóng)要进展(zhǎn)。2型糖尿病(T2D)的血管并发(fā)症是导致2型(xíng)糖尿病致残致死的重要(yào)病因,一(yī)直缺乏一种(zhǒng)无创便捷的临(lín)床途径实现血(xuè)管并发症(zhèng)的发生发展监测,达到早发现、早干预,以提高T2D病人的整体生活质量,减少卫生经济(jì)负担。
该研究入(rù)组了(le)62例2型糖尿病病人,采用(yòng)5hmC-Seal技术对(duì)血浆cfDNA中表观遗传(chuán)标志物5hmC的分布情况进行(háng)检测(cè),分析5hmC标(biāo)志物(wù)与2型糖尿病血(xuè)管(guǎn)并发症发生发展的(de)相(xiàng)关性。结果表明5hmC标(biāo)志物的变(biàn)化与T2D合并大血管(guǎn)/微血管事件具有(yǒu)相(xiàng)关性,主要涉及一(yī)些与血管生物(wù)学和糖(táng)尿病(bìng)(包括(kuò)胰岛素耐受和(hé)炎症反应)相关的(de)基因和信号通(tōng)路。该研究(jiū)建(jiàn)立(lì)的(de)16个基因-5hmC标志物组合检测可以准确区分有并发症和无并发症的2型糖尿病(bìng)病人(rén)[实验(yàn)组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传统临(lín)床变量(liàng)例如白(bái)蛋白尿。除此之(zhī)外,还建立了13个基因-5hmC标志物组合检(jiǎn)测(cè),可以进一步区(qū)分T2D合并单(dān)一(yī)并(bìng)发症和多(duō)种并发症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样(yàng)明(míng)显(xiǎn)优于(yú)其他传统临床变量。该研(yán)究得(dé)出结论(lùn),5hmC标志物反(fǎn)映(yìng)了(le)T2D病人大血(xuè)管/微血管并(bìng)发(fā)症发生过程中的(de)表(biǎo)观遗传变化,因(yīn)而5hmC-Seal检测技(jì)术在监测糖尿(niào)病(bìng)血管并发(fā)症发生和(hé)进展方(fāng)面具有良(liáng)好(hǎo)的(de)临床应用前景。
试验设计(jì)
本研究(jiū)共纳入(rù)62例2型糖(táng)尿(niào)病病(bìng)人,包括没有血管并发症(zhèng)的病人12例,有单一血(xuè)管并发症的(de)病人34例(24例(lì)发生(shēng)大血管事件(jiàn),10例发生(shēng)微血管事件),以及(jí)有多种血管并(bìng)发症的病人16例。试验收集62例病人血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕(bǔ)获(huò)外(wài)周血cfDNA中(zhōng)的5hmC序列,进行(háng)二代测序,通过生物信息学分(fèn)析找出(chū)并发(fā)症组与无并发症(zhèng)组(zǔ)之间有显著5hmC修饰差异的基因,单一并发症组和(hé)多种并发症组之间有显著(zhe)5hmC修饰(shì)差异的基(jī)因。随后利用回归模型对差(chà)异基因进一步(bù)筛选、优化,弹性网络(luò)进一步筛选,计算加权平均(jun1)分,最后得到(dào)一组具有高度灵敏度和特异性的(de)5hmC生(shēng)物标(biāo)记(jì)物,并进一步在实验组中(zhōng)验证,分析其灵(líng)敏度和(hé)特异性。并(bìng)将新建立的5hmC标志物基因组合的(de)检(jiǎn)测性能与传统临床变(biàn)量进行对比分(fèn)析。最后对相关(guān)基因(yīn)进行(háng)了信号通路分(fèn)析和功能探究。
5hmC修饰水平与血管并发(fā)症具有相关性
利用逻辑(jí)回归模型对62例有并发(fā)症和(hé)无并发症2型糖尿病病人的(de)5hmC差异水平(píng)进行分析发现,有并发症2型(xíng)糖(táng)尿病病人的622个差异修饰候选基因(包(bāo)括(kuò)上(shàng)调和下调基因)的(de)归一化平均数要(yào)明显高于无并发症的病人(P<0.001),但是单一并发症和多发并发(fā)症(zhèng)病(bìng)人之间没(méi)有显著差异。
之后将(jiāng)有单一并发(fā)症或多种并发症的50例病人用逻辑回归模型进行了对(duì)比,发现多种并发症(zhèng)的病人的(de)153个差异修饰候(hòu)选基因(包括上调和下调基因)的归一化平均数要低于无(wú)并发症病人(P<0.001)。
5hmC标志物可区分有(yǒu)无并发(fā)症患者
62例2型糖尿病病人被随机分成训(xùn)练组(zǔ)(n=31)和(hé)测试组(n=31)。利(lì)用(yòng)弹性网(wǎng)络筛选(xuǎn)后发现,16基因(yīn)-5hmC标志物(wù)组合检测(cè)可(kě)以用于区分有并(bìng)发症和无(wú)并发症的2型糖尿病病人。
基于16基因(yīn)组合模型 (Detection Model 1) 的(de)加权平均分(fèn)分析,发(fā)现(xiàn)无(wú)并发(fā)症病人的(de)分数在训练集和测试集中都明(míng)显低于有并发症的病人(rén)。只考虑加(jiā)权(quán)平(píng)均分的话,受试者(zhě)工作特(tè)征曲线(ROC)分析表明将cutoff值设置成0.5时,在测试组中中的灵敏度为60%,特异(yì)性为100%。 5hmC标志物(wù)可区分病人是单(dān)一并发症还是(shì)多种(zhǒng)并发(fā)症 50例有并发(fā)症的2型糖尿病病(bìng)人(rén)被随机分(fèn)成(chéng)训练组(n=25)和测(cè)试组(n=25)。利用弹性网络筛选后发现,13基(jī)因(yīn)-5hmC标志物组合可(kě)以(yǐ)区分2型糖尿病病(bìng)人是(shì)否发(fā)生单一(yī)并发症或多种并发症(zhèng)。 基于13基因组合模型 (Detection Model 2), 我们计算(suàn)了(le)单一并发症和多种并发症的加权平均分,发现在训练集和测(cè)试集中单一并(bìng)发症和多种(zhǒng)并发症病人(rén)的分数都有明显差异。值得一提的是,有肾(shèn)病并(bìng)发症和无(wú)肾病并发(fā)症(zhèng)病人的分(fèn)数(shù)也有(yǒu)明(míng)显(xiǎn)差异。利用加权平均分作(zuò)为(wéi)判断标准的受试者工作特征曲线(ROC)表(biǎo)明,在测试组中当将(jiāng)cutoff值设成(chéng)0.69时,灵敏度为87.5%,特异性为68.8%。 5hmC标志物与传统临床(chuáng)变量/危险因子的对比 我们评估了不同(tóng)临床变量/危险(xiǎn)因子用(yòng)于监测(cè)血管并发症的灵敏度(dù)和特(tè)异性(见表1)。
总(zǒng)体来说,结果表明一些(xiē)临床变量(如尿液白蛋白、血清ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白a)虽然具(jù)有一(yī)定的灵敏度和特异性,但是(shì)整(zhěng)体准确度仍(réng)然(rán)差强人意,因此临床需要更加准确的方法。另外,我们还在训练(liàn)组中建(jiàn)立5hmC和(hé)不同(tóng)临床变量的多变量组合模型进行评(píng)估,该模型加权平均分的AUC要明显大(dà)于传统临床(chuáng)变量(liàng)的(de)AUC。若(ruò)将这些临床(chuáng)变(biàn)量与加权(quán)平均(jun1)分进行结合,AUC也将进一步提高。因此,该多变量模型表明加权平(píng)均分可作为一个独立的(de)指(zhǐ)标用于监测2型糖尿病血(xuè)管并发症。
信(xìn)号(hào)通路分析和功能探究(jiū) 有并发症和无并发症病(bìng)人的135个差异候选基因(yīn)的功(gōng)能注释(shì)分析表(biǎo)明,这些基因(yīn)主(zhǔ)要富(fù)集在一些经(jīng)典的信号通(tōng)路。错(cuò)误发现率相关P值(zhí)位于前(qián)10%和基因数目≥3的信号通路包括由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的信号通路。由IGF1R和IL-10介导的信号通路与(yǔ)胰岛素(sù)抵(dǐ)抗(kàng)及炎症反(fǎn)应相(xiàng)关,在血管生物学和糖尿病(bìng)发(fā)生(shēng)发展过(guò)程中发挥重要作用。 Reactome相互作用网络的中心表明,泛素编(biān)码基因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素A-52亚基(jī)核糖体蛋白融(róng)合产物1(UBA52)]是候选基因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重要连接者。在这135个差异(yì)候选基因中, 一些基因(yīn) (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现(xiàn)出与糖尿病(bìng)病程相关的倾向,表(biǎo)明(míng)5hmC和糖尿病血管并(bìng)发症之间可能(néng)存在时间依赖性的相互作(zuò)用。基于纵向时间(jiān)队列的大样(yàng)本研究,将可进一步明确5hmC变化和糖尿病持续时间之间的动(dòng)态关联。关于单一并发(fā)症(zhèng)和多(duō)种并(bìng)发症病人的159个候(hòu)选标志基因的功能注释研究发现(xiàn),存在(zài)细胞(bāo)-细胞连接、胶(jiāo)原蛋白形(xíng)成(chéng)、新(xīn)陈代谢、细胞应激应答信(xìn)号通路的富集,这些信号通路均与(yǔ)细胞基本功能密切相关。 研究意义 血管并发症是(shì)三分(fèn)之二糖尿病病人的死亡原因(yīn),若能及早有效控制血管并发(fā)症的发生,将极(jí)大地改善糖尿(niào)病病人的(de)生存质(zhì)量(liàng)。该研究建立了一种利(lì)用cfDNA进行2型糖尿病血管并(bìng)发症监测的(de)无创便捷方法,较目前临床标志物能更准确地监控血管并发症的发生,从而提示临床(chuáng)及(jí)早采取应对措施,有效(xiào)控制病情进(jìn)展。
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